Operační program Životní prostředí 2007–2013
Operační program Životní prostředí (OPŽP) financuje projekty na ochranu a zlepšování kvality životního prostředí, a to zejména z prostředků Evropského fondu pro regionální rozvoj (ERDF) a Fondu soudržnosti (FS). V programovém období v letech 2007–2013 byl objemem prostředků ve výši 5,2 miliard eur druhým největším dotačním programem v ČR.
Zelená úsporám
Na úspory energie v oblasti bydlení a využití obnovitelných zdrojů se zaměřil program Zelená úsporám, který probíhal v letech 2009–2012. Prostředky získala Česká republika zejména z výnosů prodeje tzv. emisních povolenek. Celková výše investic do energetických opatření přesáhla 20 miliard korun, které Fond vyplatil téměř 75 tisícům žadatelů z řad majitelů rodinných, bytových domů a budov veřejného sektoru.
Nová zelená úsporám 2013
Pokračování úspěšného programu na energeticky úsporné renovace, stavbu domů s velmi nízkou energetickou náročností a efektivní využití zdrojů energie, tentokrát určené pro rodinné domy. Ministerstvo životního prostředí jej vyhlásilo v polovině roku 2013 s alokací 1 miliardy korun. SFŽP ČR zajistil financování programu ze svých prostředků a následně administraci přijatých žádostí.
OP Infrastruktura
Jeden z pěti programů, jehož prostřednictvím Česká republika získávala finanční prostředky ze strukturálních fondů Evropské unie od svého vstupu do EU do roku 2006. Čerpáním dotací se zařadil mezi nejúspěšnější programy. Investice poskytoval na ochranu a zlepšování stavu životního prostředí a rozvoj dopravní infrastruktury. SFŽP ČR zprostředkoval dotace z EU v cekové výši téměř 4 miliard korun.
ISPA / Fond soudržnosti
Čerpání prostředků z programu předvstupní pomoci ISPA a následně přímo z evropského Fondu soudržnosti probíhalo v letech 2000–2006. Oba finanční nástroje Evropské unie podporovaly velké investiční projekty vybraných zemí v oblasti životního prostředí a dopravní infrastruktury s cílem vyrovnat rozdíly v životní úrovni jednotlivých zemí Evropské unie a umožnit snadný přechod k hospodářské a měnové unii.
Národní programy
SFŽP ČR poskytoval od svého vzniku finance z národních zdrojů na podporu celého spektra opatření v oblasti životního prostředí v ČR. Tyto prostředky nabízel v tzv. národních programech. Jejich zaměření vycházelo z priorit aktuální Státní politiky životního prostředí a Strategie Fondu, po zpřístupnění evropských fondů v roce 2004 získaly doplňkovou funkci k dotacím z EU. V roce 2015 je nahradil Národní program Životní prostředí.